Peio Aldazabal, Juan José Almuedo, José Luis Basoco, Néstor Basterretxea y José Manuel Gorospe fundaron la Filmoteca Vasca el 1 de mayo de 1978, impulsados por la necesidad de conservar el material del patrimonio audiovisual del País Vasco.
Debido a la labor que desempeña la institución en el ámbito de la conservación del patrimonio audiovisual del País Vasco, el Gobierno Vasco la declaró Institución de Utilidad Pública el 20 de mayo de 1997. Además, desde 1994 la Filmoteca Vasca es socia de la Federación Internacional de Archivos Fílmicos (FIAF). Al tratarse del único archivo cinematográfico vasco, se ha convertido en una importante referencia en el ámbito de la cultura vasca, sobre todo para investigadores e investigadoras, productoras, distribuidoras, televisiones, estudiantes, etc. En noviembre de 2004 se convirtió en fundación, y hoy día, sus patronos institucionales son el Gobierno Vasco, la Diputación Foral de Gipuzkoa, la Diputación Foral de Álava y la Diputación Foral de Bizkaia. La financiación de la institución corre a cargo en exclusiva del Gobierno Vasco.
En septiembre de 2015, la Filmoteca Vasca trasladó su sede a Tabakalera, el Centro Internacional de Cultura Contemporánea. El edificio está provisto de todos los recursos tecnológicos necesarios para poder realizar su labor (archivo, conservación y difusión) y, además, en él conviven otras instituciones vinculadas al audiovisual como el Festival de San Sebastián (SSIFF) o Elías Querejeta Zine Eskola (EQZE). La Filmoteca Vasca forma parte de la Pantalla Compartida de Tabakalera, donde programa semanalmente películas y ciclos relacionados con el cine vasco y el cine en general. Desde abril de 2022 es miembro de pleno derecho de la Federación Internacional de Archivos Fílmicos (FIAF). Asimismo, la Filmoteca Vasca es miembro de la asociación europea para la promoción, difusión y preservación del cine amateur, INEDITS.
