Euskadiko Filmategia 1978. urteko maiatzaren 1ean sortu zuten Peio Aldazabalek, Juan José Almuedok, José Luis Basocok, Néstor Basterretxeak eta José Manuel Gorospek, Euskal Herriko ikus-entzunezko ondarea osatzen duen materiala gordetzeko beharrak bultzatuta.
Euskal Herriko ikus-entzunezko ondarea zaintzeko burututako lanaren aitorpen gisa, Eusko Jaurlaritzak Herri Onurako Erakunde deklaratu zuen 1997ko maiatzaren 20an. Horrez gain, FIAFeko (Film Artxiboen Nazioarteko Federazioa) kide elkartua da 1994tik. Euskal artxibo zinematografiko bakarra denez, erreferentzia garrantzitsua bilakatu da euskal kulturaren baitan, batik bat ikerlari, produkzio-etxe, banatzaile, telebista, ikasle eta abarrentzat. 2004ko azaroan fundazio bihurtu zen, eta bere patronatua Eusko Jaurlaritzak, Gipuzkoako Foru Aldundiak, Arabako Foru Aldundiak eta Bizkaiko Foru Aldundiak osatzen dute. Eusko Jaurlaritzak bakarrik finantzatzen du erakundea.
2015eko irailean, Euskadiko Filmategiak Tabakalerara lekualdatu zuen egoitza, Kultura Garaikidearen Nazioarteko Zentrora. Eraikinak bere lana egiteko behar dituen baliabide teknologiko guztiak ditu (artxiboa, kontserbazioa eta zabalkundea) eta, gainera, ikus-entzunezkoarekin lotutako beste erakunde batzuk ere bertan daude, besteak beste, Donostia Zinemaldia (SSIFF) eta Elias Querejeta Zine Eskola (EQZE). Euskadiko Filmategia Tabakalerako Partekatutako Pantailaren parte da, eta astero programatzen ditu euskal zinemarekin eta, oro har, zinemarekin lotutako filmak eta zikloak. 2022ko apiriletik Film Artxiboen Nazioarteko Federazioko (FIAF) eskubide osoko kidea da. Era berean, Euskadiko Filmategia zinema amateurra sustatu, zabaldu eta babesteko Europako INEDITS elkarteko kidea da.
